中华人民共和国舟山海事局于2001年2月8日正式挂牌筹建成立，2001年4月1日开始正式对外全面履行水上安全监督管理职责。

舟山海事局辖区北自马鞍群岛，南至梅散列岛，东起海礁，西迄五盘洋水域。辖区岸线总长2363.15公里。

2008年，舟山海事局内设指挥中心（舟山船舶交通管理站）、监管一处（船舶安全检查站）、监管二处、督察处、办公室、党群工作部、财务处等7个处（室）及政务中心、船员考试中心2个直属单位，下设定海、沈家门、岱山、嵊泗、普陀山、岙山6个海事处和局执法支队，以及六横、桃花、金塘、衢山4个办事处。全局现有在职人员225名。