根据浙江海事局《关于建立舟山海事局筹备组及其人员组成的通知》（浙海事字[2001]1号），于2001年1月4日，舟山海事局开始筹建，于2001年2月8日正式授牌成立，2001年4月1日正式对外全面履行水上安全监督管理职责。

2001年5月9日，浙海人教[2001]88号《关于同意设立舟山海事局船舶安全检查站的批复》设立了舟山海事局船舶安全检查站。

2001年5月9日，浙海人教[2001]89号《关于同意设立舟山海事局办证中心的批复》设立了办证中心。

2001年7月4日，浙江海事局浙海人教[2001]161号《关于舟山海事局派出机构置的通知》同意设置：

中华人民共和国舟山沈家门海事处

中华人民共和国舟山岱山海事处

中华人民共和国舟山嵊泗海事处

中华人民共和国舟山普陀山海事处

中华人民共和国舟山定海海事处

中华人民共和国舟山岙山海事处

2001年8月1日，浙江海事局浙海人教[2001]196号《关于舟山海事局派出机构设置办事处的批复》同意我局所属6个派出机构共设置17个办事处：　　

沈家门海事处设置4个办事处：六横办事处、桃花办事处、虾峙办事处、半升洞办事处。

岱山海事处设置3个办事处：长涂办事处、衢山办事处、南峰办事处。　　

嵊泗海事处设置3个办事处：马迹山办事处、洋山办事处、绿华山办事处。　　

定海海事处设置5个办事处：金塘办事处、鸭蛋山办事处、老塘山办事处、西码头办事处、册子办事处。

岙山海事处设置1个办事处：西蟹峙办事处。

普陀山海事处设置1个办事处：朱家尖办事处。

2003年11月，人事制度改革后报请上级海事部门同意保留六横办事处、桃花办事处、金塘办事处、衢山办事处等四个办事处。

2005年12月14日，舟山海事局根据浙江海事局《关于舟山海事局内设机构改革实施方案的批复》一文，批准文号：浙海人教[2005]333号。

局机关机构设置进行了重新调整，分别是：综合办公室、组织人事处、计划财会处、海事业务管理处（安检站）、执法督察处、政务中心，并按照分工各自履行不同的职能。   

2008年，舟山海事局内设指挥中心（舟山船舶交通管理站）、监管一处（船舶安全检查站）、监管二处、督察处、办公室、党群工作部、财务处等7个处（室）及政务中心、船员考试中心2个直属单位，下设定海、沈家门、岱山、嵊泗、普陀山、岙山6个海事处和局执法支队，以及六横、桃花、金塘、衢山4个办事处。全局现有在职人员225名。

2009年，舟山海事局在原执法支队的基础上筹建马岙海事处，在原六横办事处的基础上筹建六横海事处。